تنبثق رسالة قسم الكيمياء في جامعة المثنى من أعداد باحثين ذوي كفاءات عالية قادرين على الابتداع والابتكار والمساهمة الفعالة في حل المشاكل العلمية التي تساهم في خدمة التنمية في البلد . وتنظم الدورات التدريبية للتدريسين في مجال الأبحاث وتطوير المهارات التدريسية من خلال تطبيق طرق التدريس الحديثة لمواكبة التقدم العلمي . كما يهدف القسم الى مساعدة المجتمع من خلال حل المشاكل التي تواجهه, ولرفد الحركة العلمية بابحاث نوعية تلبي متطلبات السوق.