مع صدور الأمر الوزاري بإنشاء جامعة المثنى في عام 2007 م والتي أصبحت فيها الجامعة الوريث لكليات المثنى والتي كانت تتبع جامعة القادسية ، ومع توجيه إدارة الجامعة بفتح تخصصات جديدة في حقول العلوم والهندسة تم استحداث قسم الرياضيات وتطبيقات الحاسوب في بداية العام الدراسي 2009-2008 واستقبل فوجه الأول من الطلبة الجدد وعددهم 37 طالب وطالبة . كما بلغ عدد أعضاء هيئة التدريس 5 أعضاء من حملة الدكتوراه والماجستير .

           قسم الرياضيات وتطبيقات الحاسوب يقدم خدماته لمختلف أقسام الكليات في الجامعة حيث يقدم دروس الحاسبات والرياضيات كمتطلبات جامعة وكلية إجبارية لكلتي العلوم والتربية . كما إن خطة قسم الرياضيات وتطبيقات الحاسوب والتي اعتمدت من قبل وزارة التعليم العالي والبحث العلمي تراعي حاجة طالب قسم الرياضيات لمختلف حقول الرياضيات الصرفة والتطبيقية والإحصاء والحاسوب لتخريج نوعية متميزة وكفؤة قادرة على المنافسة في سوق العمل .

         إن قسم الرياضيات وتطبيقات الحاسوب يهدف ضمن المشاريع المستقبلية إن شاء الله إلى فتح كلية الرياضيات والحاسبات لدراسة تخصصات الرياضيات والحاسبات المختلفة ، واستقطاب أعضاء هيئة تدريسية مميزين ذوي خبرة ، وابتعاث اخرين للحصول على درجة الماجستير والدكتوراه.

         استحداث مختبرات جديدة لتدريس الرياضيات التطبقية والاحصاء ذات علاقة بتعليم الحاسوب واجراء البحوث العملية ومشاريع التخرج والتوسع في قبول الطلبة . ومن الخطط المستقبلية تعديل وتطوير الخطط الدراسية باستمرار بما يتلائم وحاجة المجتمع العراقي والعربي للتطور العلمي والتقني ، والارتقاء بمستوى الخريج ، والتركيز على البحث العلمي والتواصل مع الجامعات العراقية والعالمية بما يحقق الفائدة لهذا القسم من حيث الاطلاع على تجارب الاخرين واقامة المؤتمرات والورش العلمية .